По версии следствия, в 2008-2009 годах Владимир Семёнов систематически похищал часть денег, полученных им в кассе университета на командировочные расходы, оформляя их в авансовых отчётах как «представительские расходы». В результате похищено более 250 тысяч рублей.

Далее, в феврале 2009 года, бывший ректор организовал фуршет в честь защиты своей докторской диссертации, потратив на это из казны МаГУ более 21 тысячи рублей.

Самое крупное хищение произошло в марте 2011 года, тогда обвиняемый похитил 810 тысяч рублей, якобы предназначенных для выплаты премий деканам факультетов.

В 2012 году Семёнов со счёта МаГУ перечислил на счёт компании, учредителем и директором которой является его жена, 300 тысяч рублей под видом оказания этой организации юридических услуг, которые предоставлены не были.

Общая сумма ущерба, причинённого университету, составила около 1,4 млн рублей.