27 июля 1987 года приказом Главного управления Государственного таможенного контроля при Совете Министров СССР в городе металлургов была создана первая на Урале таможня. В регион деятельности Магнитогорской таможни вошли Челябинская, Свердловская, Пермская, Тюменская, Курганская области и Башкирия. Решение правительства СССР создать внутри страны таможню, было вызвано, прежде всего, началом строительства прокатного стана 2000 на Магнитогорском металлургическом комбинате. Оборудование для строительства стана прибывало в город большим потоком, таможенное оформление которого и выпуск грузов осуществлялись практически «с колес».
В 1989 году таможни появились в Челябинске, Екатеринбурге, Оренбурге, Уфе и Перми. Около 100 предприятий осуществляют внешнеэкономическую деятельность, их количество постоянно увеличивается и к середине 90-х годов в регионе ответственности Магнитогорской таможни уже 551 участник ВЭД. В августе на границе с Республикой Казахстан образованы Троицкий, Карталинский, Брединский и Николаевский таможенные посты, где пересеклись транспортные пути со всех южных республик бывшего СССР, Казахстана, Башкортостана и Оренбургской области.
К своему десятому дню рождения Магнитогорская таможня перечислила в федеральный бюджет 148 миллиардов рублей таможенных платежей, выявила свыше 5 тысяч фактов нарушения таможенных правил, пресекла контрабанду 107 кг наркотических средств. В конце девяностых сотрудники Магнитогорской таможни активизируют борьбу с контрабандным перемещением через российско-казахстанскую границу наркотиков, китайского ширпотреба, мясомолочных продуктов, алкогольной продукции казахстанского производства. Общеизвестны такие факты, как задержание сотрудниками таможенных постов 14 кг опия, 1,5 кг героина, 6 кг гашиша, перевозимых в мешках с сухофруктами и орехами, 1,5 тонн марихуаны, обнаруженной в перевозимом луке, товаров народного потребления китайского производства общей стоимостью 3 миллиона рублей.
С 2004 года вектор развития таможенной службы России был направлен на максимальное приближение к международной практике оформления и контроля грузоперевозок, совершенствование системы таможенного контроля, сокращение сроков выпуска товаров. В Магнитогорской таможне началось внедрение электронного декларирования в оформлении товара. Сегодня все участники внешнеэкономической деятельности применяют электронную форму декларирования, таможней осуществляется контроль товаров поступающих из 42 стран мира и таможенное декларирование экспортных грузов, направляемых более чем в 55 стран.
За 28 лет в Магнитогорской таможне создана команда профессионалов, которая готова к выполнению любых заданий. Кроме профессиональной деятельности должностные лица таможни – активные участники спортивных соревнований и творческих конкурсов, организованных Уральским таможенным управлением, администрацией и правоохранительными органами города Магнитогорска. В таможне чтут и помнят ветеранов, активно занимаются благотворительностью. За годы кропотливой работы, побед и свершений создан коллектив, объединенный одной целью, способный грамотно и оперативно работать, наделенный лидерскими качествами, переданными новому поколению магнитогорских таможенников теми, кто 28 лет назад начинал таможенное дело в легендарной Магнитке.
