По версии следствия в 2011 году Фондом была создана дочерняя компания "ТФК Сколково", в задачу которой входило оформление таможенных грузов, предназначенных для развития наукограда. Выделенные деньги были потрачены на аренду помещения для фирмы, взятого у родителей Луговцева. Причем договор был составлен таким образом, что все средства перечислялись авансом за три года вперед и без права их возврата арендатору в случае расторжения соглашения. При этом Хохлов и Луговцев приняли решение об оплате капитального ремонта здания.

Таким образом, по версии следствия в результате действий Луговцева, Хохлова и других лиц совершено хищение 23,8 миллиона рублей, выделенных государством из бюджета на развитие Сколкова. Кроме того, как установлено следствием, за два года существования ТФК "Сколково", штат которой составлял порядка 10 человек с заработной платой от 300 до 600 тысяч рублей ежемесячно, была проведена всего одна таможенная операция.

В рамках уголовного дела будет тщательно проверена деятельность других руководителей Фонда и должностных лиц Минфина России, которые осуществляли контроль за расходованием бюджетных средств, выделенных Фонду на реализацию инновационного проекта "Сколково"".
В настоящее время проводятся необходимые следственные действия, направленные на установление всех обстоятельств хищения, других эпизодов и лиц, причастных к его совершению.